Coordina y fomenta la ejecución de actividades científicas y tecnológicas de Programas y Proyectos, sobre temas marinos relevantes y de interés mutuo de los Países Miembros de la CPPS. Los temas son identificados en reuniones especiales en las que participan investigadores y funcionarios multidisciplinarios de instituciones técnicas de los cuatro países vinculados al medio marino y sus recursos.
Los Gobiernos, en el marco de sus políticas marítimas, aprueban los Programas y Proyectos y disponen a la Secretaría General su ejecución, su desarrollo, su seguimiento para las aplicaciones pertinentes.
· En el ámbito de los recursos hidrobiológicos en general y pesqueros en particular, coordina el estudio y evaluación de los principales recursos pesqueros y sus pesquerías con la finalidad de contribuir a su ordenación y explotación sostenida.
· En el ámbito ambiental (medio marino) coordina y promueve permanentemente los estudios oceanográficos y meteorológicos del Pacífico sudeste, con especial énfasis en los eventos ENOS (El Niño Oscilación del Sur) y sus más notables y recurrentes manifestaciones extremas como son el Fenómeno El Niño (fase caliente) y La Niña (fase fría) y otros años atípicos, concentrando sus esfuerzos al mejoramiento de la detección temprana (pronóstico) de su presencia en la Región con la finalidad de contribuir con los planes de mitigación nacionales que permitan reducir los efectos negativos (daños) y aprovechar los positivos (beneficios).
· Contribuye a impulsar la cooperación técnica y económica con instituciones internacionales públicas y privadas vinculadas a los objetivos y fines de la CPPS. Difunde permanentemente los resultados de sus actividades por diversos medios (Boletines, publicaciones, informes especiales, correo electrónico, conferencias, stios web, etc.).
El actual Director Científico es el Economista Marcelo Nilo Gatica, de nacionalidad chilena.
