El Programa para el Estudio Regional del Fenómeno El Niño en el Pacífico Sudeste (ERFEN) es uno de los más importantes de la CPPS por su visión global, carácter interdisciplinario, naturaleza multinacional, continuidad, logros y por las posibilidades de aplicación de sus resultados científicos en las diversas actividades sociales, económicas y humanas realizadas por el hombre, sea para reducir daños o efectos negativos y aprovechar beneficios.

El ERFEN fue configurado en 1974 e inició sus actividades en 1976 con énfasis en la oceanografía biológica. A pocos años de sus actividades y basándose en la experiencia de drásticos eventos ENOS El Niño 1972 - 1973 y de 1982 - 1983, el programa pronto adquirió notable suficiencia en los aspectos físicos - oceanografía y meteorología - y en los biológico-pesqueros relativos a la incidencia del fenómeno en los recursos hidrobiológicos que sustentan importantes pesquerías de la región. Se ha avanzado significativamente en la evaluación del clima marino y sus variabilidades, especialmente en los episodios cálidos El Niño y los fríos de La Niña; en el aviso anticipado de su aparición, considerando la información regional y extraregional, y en la cuantificación de sus impactos en el ámbito pesquero principalmente.

El ERFEN realiza sus actividades sustentado en el esfuerzo integrado de más de 22 instituciones científicas de Chile, Colombia, Ecuador y Perú, y dispone de los siguientes mecanismos institucionales para el desarrollo de sus actividades:

El Protocolo ERFEN promueve el intercambio de investigadores para la cooperación científica y técnica, además de la ampliación de las capacidades nacionales para el manejo e interpretación de la información, a fin de mejorar la capacidad de pronóstico del fenómeno El Niño y contribuir a la mitigación de los efectos perjudiciales y aprovechar los efectos benéficos.