La Autoridad General del Plan de Acción recaerá en las Altas Partes Contratantes del Convenio de Lima de 1981, y se constituye en la máxima instancia de decisión política del Plan, encargándose de evaluar el estado de ejecución del mismo, determinar los ajustes necesarios para su progreso y las consecuencias financieras del mismo. La Autoridad General se encarga también de aprobar el presupuesto, el programa de trabajo y demás actividades antes de su puesta en marcha.
La Autoridad General se reunirá una vez por año, con por lo menos un mes de posterioridad a la Reunión del Grupo Consultivo.