Las actividades relacionadas con las áreas marinas y costeras protegidas se enmarcan en un instrumento regional de carácter vinculante, suscrito y ratificado por los países miembros del Plan de Acción del Pacífico Sudeste, que es el "Protocolo para la Conservación y Administración de las Areas Marinas y Costeras Protegidas del Pacífico Sudeste".
Para la implementación del antes mencionado protocolo, en 1992 se aprobó la Red Regional de Areas Costeras y Marinas Protegidas en el Pacífico Sudeste (V Reunión Intergubernamental del Plan de Acción). En una reunión de expertos se preparó el Plan de Trabajo para esta Red Regional.
En el marco de este mecanismo de gestión ambiental, se realizó con el apoyo de la FAO, una Monografía sobre Areas Marinas y Costeras Protegidas del Pacífico Sudeste.
En junio de 1995 se realizó en Panamá la Reunión del Grupo Ad-Hoc sobre Areas Costeras y Marinas Protegidas del Pacífico Sudeste, entre otros motivos, para la implementación del "Protocolo para la Conservación y Administración de las Areas Marinas y Costeras Protegidas del Pacífico Sudeste".
En julio de 1997, se realizó en Lima, Perú, la II Reunión del Grupo Ad-Hoc de Expertos sobre Areas Costeras y Marinas Protegidas del Pacífico Sudeste para analizar principalmente los Estudios Nacionales sobre Diversidad Biológica Marina. El la misma se formularon importantes recomendaciones en relación con el componente marino costero del Convenio sobre la Diversidad Biológica, contenidos en el denominado "Mandato de Jakarta", que es un plan de acción que comprende las siguientes 5 áreas: Manejo Integrado de Zonas Costeras, Areas Protegidas, Recursos vivos, Maricultura y Especies exóticas.
La III Reunión del Grupo AD-HOC de expertos sobre área marinas y costeras protegidas del Pacífico Sudeste, se realizó en Punta Arenas, Chile, en diciembre de 1999. En ella se dio cumplimiento a la Decisión N°9 de la VIII Reunión Intergubernamental del Plan de Acción del Pacífico Sudeste, a las actividades 7/99 y 4/99 del Programa de Trabajo 1998-1999 del Plan de Acción y al Memorando de Cooperación entre la CPPS y la Secretaría de Convenio sobre Diversidad Biológica para la implementación regional en el Pacífico Sudeste del "Mandato de Jakarta".
La reunión se realizó con el apoyo financiero del PNUMA, en cumplimiento de un memorando de entendimiento suscrito recientemente entre la CPPS y ese Programa de las Naciones Unidas.
La IV Reunión del Grupo Ad-hoc de Expertos sobre Áreas Marinas y Costeras Protegidas se llevó a cabo del 25 al 27 de agosto de 2004 en Guayaquil, Ecuador, con la finalidad de conocer el estado actual de las áreas marinas y costeras protegidas del Pacífico Sudeste, actualizar la Red Regional de Áreas Marinas y Costeras Protegidas del Pacífico Sudeste, actualizar las Guías Directrices y Principios para el Establecimiento de Áreas Costeras y Marinas Protegidas en el Pacífico Sudeste, y fortalecer la cooperación internacional para la implementación del Protocolo para la Conservación y Administración de las Áreas Marinas y Costeras Protegidas en el Pacífico Sudeste.